Honako hauek dira Euskal Espeleologoen Elkargoaren helburuak:
Espeleologia eta Karstaren Zientzien sustapena eta zabalkuntza.
Karstaren ikerketa, babesa eta zainketa.
Karstaren ikerketan eta babesean interesa duten pertsonak biltzea -bereziki espeleologoak-.
Euskal espeleologia taldeen koordinazioa, bai jardueretan, bai informazioaren trukaketan ere.
Euskal espeleologiaren sustapena Euskalherrian, zein nazioartean.
Euskalherrian sortzen diren talde berriei formakuntza eta aholkularitza ematea (karstaren ikerketarako interesa dutenei bakarrik); espeleologoen maila tekniko eta zientifikoa jasotzea, lurrazpiko munduaren ezagutza zabalagoa izan dadin eta espeleologiaren praktika seguruagoa bihurtzeko.
Sorospen eta erreskateen tekniken ezagupena eta erabilera sustatzea; Euskal Espeleo Laguntza taldearen lana babestea eta bultzatzea (hauxe baita euskal espeleologoei laguntza eskain dezakeen talderik gertuena eta inguruko istripuetan euskal espeleologoen lana hobekien antola dezakeena); kobazuloetako erreskateetan parte hartzen duten erakunde guztiekin harremanak sustatzea.
Euskal espeleologoei estaldurarik egokiena eman diezaiekeen istripu-aseguru poliza eskuratzea.
Euskal Espeleologiaren Eskola sustatzea.
EEEren antzeko helburuak duten pertsona eta erakundeekin harremanak eta elkartrukea bultzatzea, esparru geografikoa edozein dela ere.
Ondare natural, historiko, arkeologiko eta paleontologikoaren babesa sustatzea.